Die heutige Kirche Warnemünde ist ein neogotischer Backsteinbau und wurde von 1866 bis 1871 erbaut. Der gotische Schnitzaltar ist das Werk eines unbekannten Danziger Meisters vor dem Jahr 1475. Die Orgel der Kirche wurde 1975 von der Firma Voigt aus Bad Liebenwerda gebaut.
Dem Besucher der Warnemünder Kirche fallen zwei Gegenstände auf, die nicht in vielen Kirchen zu finden sind: In den Seitenschiffen sind zwei Votivschiffe zu sehen, die der Kirchgemeinde von den Lotsenkommandeuren Davids und Jantzen geschenkt worden sind.
Erste Kirche aus der 13. Jahrhundert
Bereits im 13. Jahrhundert ist eine Kirche im Fischerdorf Warnemünde belegt. Während kriegerischer Auseinandersetzungen, die zwischen der Stadt Rostock und Heinrich II. in Gemeinschaft mit dem dänischen König Erik VI. in Warnemünde ausgetragen wurden, zerstörte man im März 1312 die Kirche in Warnemünde und den Turm der Petrikirche in Rostock zur Gewinnung von Baumaterialien für ein Bollwerk mit steinernem Turm. Die Rostocker verloren diesen Krieg im Dezember 1312 und mussten die Oberhoheit der Herzöge und des dänischen Königs anerkennen und sich verpflichten, eine neue hölzerne Kirche in Warnemünde zu bauen. Es ist nicht belegt, ob dieser Nachfolgebau bei der neuerlichen Auseinandersetzung des Rostocker Rates mit den Truppen der Herzogin Katharina von Mecklenburg im Jahre 1430 zerstört wurde, erscheint aber möglich. Während dieser Kriegshandlungen beschränkten sich die herzoglichen Truppen auf die Zerstörung Warnemündes, da die gut befestigte Stadt Rostock keinen Kriegserfolg versprach.
Heutige Kirche Warnemünde wurde von 1866 bis 1871 im neogotischen Stil erbaut
Die heutige Kirche wurde von 1866 bis 1871 von dem Schweriner Architekten und Baurat Theodor Krüger (Entwurf) und dem Rostocker Wilhelm Wachenhusen im neogotischen Stil erbaut. Grund für den Neubau waren das immense Wachstum des Ortes sowie der schlechte Bauzustand und die für die Ortsentwicklung des aufstrebenden Seebades ungünstige Lage der alten Kirche.
Der Bauplatz wurde am damaligen westlichen Ortsrand gewählt. Der Grundriss der neuen Kirche ist kreuzförmig angelegt. Ursprünglich waren für die Giebel des Querschiffs je drei schmale Spitzbogenfenster geplant, auf Wunsch des Bauherrn und Patronatsherrn Großherzog Friedrich Franz II. sollte aber jeweils ein einzelnes größeres Fenster eingebaut werden. Man entschied sich dann für den Einbau von Rosetten. Im Sommer 1872 wurde der alte Kirchbau abgerissen.
Die Steine wurden gebrochen und bei der Befestigung des südlichen Abschnitts der Alexandrinenstraße verwendet. Vor dem Abriss wurde der gotische Flügelaltar in die neue Kirche verbracht und hinter dem neuen Altar, später in der Sakristei aufgestellt. In die neue Kirche wurden weiterhin einige alte Kirchenbänke und Schnitzwerk übernommen. Die Kanzel und der Taufengel wurden dem Rostocker Museum übergeben. Der erste Gottesdienst fand am 1. Oktober 1871 statt.
Förderverein unterstützt Sanierungsarbeiten
Während der DDR-Zeit konnten nur wenige Sanierungsarbeiten an der Kirche durchgeführt werden. Nach der politischen Wende konnten unter schwierigen finanziellen Bedingungen umfangreiche Sanierungen an Dach und Fassade durchgeführt werden. Es fanden sich aktive Unterstützer, die im Oktober 2001 einen Förderverein gründeten. Dieser unterstützt die Kirchgemeinde bei den notwendigen Sanierungsarbeiten. Bisher konnten einige wichtige Vorhaben, wie die Schaffung eines barrierefreien Eingangs, der Einbau einer Toilette, Innenanstrich, Reparatur und Neuanlage von Trauf-Pflasterstreifen rund um die Kirche, die Reparatur aller Schallluken, die Restaurierung der Christophorus-Figur und des Altars sowie die Neugestaltung des Kirchenumfelds realisiert werden.