Der Bahnhof Warnemünde liegt im Osten des Ostseebades und ist Endpunkt der S-Bahn. Außerdem fahren einige Fernzüge den Bahnhof an. Das Empfangsgebäude und einige weitere Anlagen des Bahnhofs stehen unter Denkmalschutz.
Der Bahnhof in Warnemünde entstand 1886 als Endbahnhof auf der Strecke von Neustrelitz. Damit hatte die Lloydbahn ihr Ziel erreicht und eine geplante Schiffsverbindung über die Ostsee nach Dänemark bis Kopenhagen ermöglicht. Bis 1995 war der Hafen Warnemünde Ausgangspunkt der Fähren ins dänische Gedser.
Der erste Bahnhof wurde zum Güterbahnhof
Der erste Bahnhof besaß drei Gleise, einen kleinen Lokschuppen und Wartungsanlagen für die Lokomotiven. 1893 übernahm die Mecklenburgische Friedrich-Franz-Bahn die Lloydbahn und die Gleisanlagen des Bahnofs wurden für den Güterverkehr erweitert. Zwischen 1890 und 1892 stiegen die Einnahmen um 11,8 Prozent. Deshalb wurde bald ein Ausbau sowohl für den Fähr- als auch den Personen- und Güterverkehr notwendig. Der neue Bahnhof ging 1903 nach umfangreichen Bauarbeiten in Betrieb. Das Empfangsgebäude musste durchbrochen werden, der so genannte Tunnel entstand. Der erste Bahnhof in Warnemünde wurde nun zum Güterbahnhof umfunktioniert
Auf dem Güterbahnhof wurden später am Bassin Umschlagsleistungen für den Hafen geleistet. Beim Baubeginn für die Warnowerft wurden sie etwa 1950 eingestellt, da die Werft dort die Docks hineinlegte. Vor einigen Jahren wurde der Bahnhof auf ein modernes Niveau umgebaut und verbindet nun die S-Bahn mit der RSAG.
Der zweite Bahnhof wurde 1903 errichtet
Der zweite Bahnhof von Warnemünde wurde als moderner Fähr- und Personenbahnhof errichtet und am 30. September 1903 für den Frachtverkehr zwischen Warnemünde und Gedser eröffnet. Damit begann nicht nur für Warnemünde, sondern für ganz Deutschland im Eisenbahnverkehr eine neue Epoche. Der Warnemünder Bahnhof war ein zweiseitiger Bahnhof. Die Westseite, heute Bahnsteige 1 bis 4, war für den Vor-Ort-Verkehr, heute S-Bahn, vorgesehen, die Ostseite mit den Bahnsteigen 5 bis 8 für den Fährverkehr. Für Letzteren erhielt der Bahnhof zwei Fährbetten. Für den Gedser-Verkehr nach Dänemark gab es auf der Ostseite einige Aufstellgleise für die Frachten.
Mit der Einstellung des Fährverkehrs am 25. September 1995 kam der große Einbruch. Der Güterverkehr wurde völlig eingestellt und die Belegung der S-Bahnzüge nahm ab. Alle Gütergleise, Gleise zu den Fähranlagen, BW-Außenstelle und Betriebswagenwerk wurden abgerissen. Der S-Bahnbetrieb wurde nach wie vor mit Doppelstock-Einheiten durchgeführt. Mit dem Anlegen der Kreuzfahrtschiffe kam der Sonderverkehr vom Bahnsteig 5 wieder zum Leben.
Umbau des Bahnhofs in Warnemünde
Nach umfangreicher Planung begannen im Oktober 2018 die Bauarbeiten. Zunächst wurde die alte Technik durch ein modernes digitales Stellwerk ersetzt, das nun die Züge zwischen Rostock-Bramow und Warnemünde steuert. Im September 2019 begann der Umbau des Bahnhofs und es wurden neue Bahnsteige mit modernen Beschallungsanlagen, neuer Beleuchtung und digitalen Informationsanlagen sowie neue Wetterschutzhäuschen und Wegeleitsysteme installiert.
Die alte Personenunterführung wurde zurückgebaut und durch einen neuen, barrierefreien Übergang im nördlichen Bereich des Bahnhofs ersetzt. Zwei 370 Meter lange Bahnsteige für Intercity- und ICE-Züge wurden neu errichtet. Auch das Kreuzfahrtterminal am Neuen Strom können Reisende von Bahnsteig 5 über drei direkte Zugänge leicht erreichen. Gleichzeitig wurden Gleise, Weichen, Oberleitungs- und Telekommunikationsanlagen sowie der Hochwasserschutz verbessert.